从大量藏文古籍提供的证据来看，在新时期时代结束后，西藏高原的历史曾经经历了一个相当漫长的从“小邦时代”逐渐到象雄、吐蕃、苏毗三大部落联盟形成的发展、演变过程。苏毗在汉文史书中又称“女国”，位于雅隆部落以北，唐古拉山南北一带，即巴青一带属苏毗部落属地。

早在“小邦时代”中已有“亚松”--在松地方，即后来的苏毗，在今唐古拉山南北一带。但在公元前2世纪以前，苏毗曾长期受象雄统治。大约在公元前4世纪，苏毗作为西藏高原早期诸部中的一支，始出现于历史舞台。据《贤者喜宴》、《红史》记载，聂赤赞普时，曾令蔡米田吉木杰征服苏毗的苯教师阿雍杰瓦，并占领了苏毗的部分领土。

苏毗的宗教文化同样受到象雄的强烈影响，成为当时除象雄之外的另一大苯教中心。据《嘉言宝藏》载，当时雅隆悉补野部苯教的若干仪轨就是经苏毗介绍过去的。苏毗最初的地域中心是在囊曲河流域（即今青海玉树及川西北一带），后逐渐向吉曲河（即拉萨河）流域发展。至公元6世纪，以今拉萨迆北彭波为中心的苏毗王赤邦苏。居于今拉萨河下游一带的达甲吾乘其内讧之机征服。苏毗自此空前统一，成为雅隆藏布江北岸以今彭波地区为统治中心的一支强大的部落联盟。此时，苏毗的地域大致东与今四川西部和昌都地区相接，北抵突厥，西南境可能在玛旁雍湖与象雄相接，南方以雅隆藏布江为界同雅隆悉补野部相望。也就是说，至迟在公元6世纪时，西藏高原唐古拉山脉南北草原地带的苏毗同位于雅隆藏布江以南山南河谷地带的雅隆部落、位于阿里及拉达克地区的象雄这三大部落联盟已形成三足鼎立、一争高下的局面。

贞观三年（629年），13岁的松赞干布继位，他任用娘•芒布支尚囊为辅政大臣，招抚苏毗（孙波）：苏毗所辖的地域是横跨唐古拉山脉南北的草原地带。当时苏毗部落有三万户。《敦煌本吐蕃历史文书》记载：“娘•芒布支尚囊对苏毗一切部落不用发兵征讨，智谋使人，有如种羊领群羊之法，以舌剑唇枪扶服，不损失户数，悉归真正之编氓矣。庶民百姓，如同对本部民户，其贤明如此。”娘•芒布支尚囊，先用大兵压境，后谈判说降，未伤一兵一卒，用和平方式获得了苏毗属地。从此，巴青一带成为吐蕃政权的辖地。

9世纪割据时期，巴青地方由当地头人尊多尼玛竹扎管辖。而阿里地方的琼布迁至巴青后，归其管理。

南宋嘉熙四年（1240年，藏历饶迥铁鼠年），阔端派遣多达那波率军攻入西藏，蒙古军队从青海打到藏北，藏北地区被蒙古军队收降，并进行统治。藏北地区开始有蒙古部落游牧。

14世纪中叶，文宗皇帝图铁木尔之弟额尔德觉带领一部分蒙古族士兵入藏，带从属在今索县和巴青县交界处的强曲河下游定居后，不断扩张。到第八代霍尔王时期，取代“琼布家族”的统治。第九代霍尔王衮秋吉时期，形成霍尔三十九族。

明朝中叶以后，三十九族地区先后隶属厄鲁特蒙古土默特部的俺答汗、喀尔喀部却图汗管辖。

清雍正元年（1723年，藏历第十二饶炯木虎年），青海和硕特部蒙古首领罗卜藏丹津公开谋逆作乱，反对清朝政府。隶属罗卜藏丹津的三十九族及青海南部地区一时纷乱四起。清中央政府遣西藏地方政府噶伦颇罗鼐率藏军随清军一道经那曲卡一带进剿，招抚霍尔部落。

雍正三年（1725年，藏历第十二饶炯木蛇年），清朝中央政府委任第十二代霍尔王赤加吉钦总管三十九族，直属理藩院夷情衙门。

雍正九年（1731年，藏历第十二饶炯铁猪年），清朝派官员对黄河源以南的游牧部落七十九族地区进行划分，将其中的霍尔三十九族部落划归驻藏大臣直辖，并设总千户、百户、百长实施管理，在其内部将各部落世袭头人按其部落大小分封官爵以便治理。

辛亥革命后，西藏地方政府以藏北地区亲汉为借口出兵，把三十九族地区收入掌管，并将部落世袭头人的官衔降低乃至撤销，但由于传统势力影响，西藏地方政府对三十九族地区的基层势力并未完全撤销，传统部落势力依旧强大，

民国五年（1916年，藏历第十五饶炯火龙年），西藏地方政府在三十九族地区设霍尔基巧，任命僧官堪穷（四品僧官）一名和俗管（四品官）一人，并在总管下设部族行政区，以“措巴”为基础，建立两级行政机构。

民国三十年（1941年，藏历第十六饶炯铁蛇年），西藏地方政府撤销霍尔基巧。

民国三十一年（1942年，藏历第十六饶炯水马年），西藏地方政府在那曲卡（今那曲县那曲镇）设绛曲基巧，并将三十九族划归那曲绛曲基巧管辖，同时在三十九族地区设立宗。

1951年1月1日，昌都地区人民解放委员会成立，巴青宗归昌都解委会丁青办事处管辖。

1959年10月，根据西藏工委关于《西藏地区行政区划调整意见》，将昌都地区的巴青宗划归黑河地区管辖。同时撤销巴青宗，设立巴青县，下辖益塔、高口、江绵、仓来、本索5个区和22个乡。

1962年9月，昌都地区丁青县的雅安区规划巴青县，同时从原本索区划分出巴青区。全县共辖雅安、益塔、高口、江绵、仓来、本索、巴青7个区和30个乡人民政府。

1964年，巴青县人民政府驻地由益塔塘（现拉西镇16村所在地，原益塔部落头领驻地）迁至达尔塘。

1969年5月，经西藏军区党委和西藏自治区革命委员会批准，成立巴青县革命委员会，辖7个区革命委员会，同时30个乡革命委员会陆续成立。随着公社的兴起，30个乡革命委员会改为公社革命委员会。

1981年10月，撤销巴青县革命委员会。撤销7个区革委会和30个公社革命委员会。建立雅安、益塔、高口、江绵、仓来、本索、巴青7个区和30个乡管委会。

1984年8月，恢复建立乡人民政府。

1988年5月，在全区撤区并乡工作中，巴青县将7个区、30个乡调整为2个区、12个乡、162个行政村。

2002年4月,巴青县又一次撤区并乡工作，将巴青县2个区（江绵区和巴青区）、12个乡（拉西乡、雅安乡、扎色乡、高口乡、满塔乡、荣青乡、巴青乡、阿秀乡、玛如乡、本塔乡、岗切乡、贡日乡）调整为3个镇即拉西镇、雅安镇、扎色镇（原扎色乡和高口乡合并），7个乡即江绵乡（原荣青乡和满塔乡合并）、巴青乡、阿秀乡、玛如乡、本塔乡、岗切乡、贡日乡，县政府驻地为拉西镇。

2003年,拉西镇、扎色镇、雅安镇政府所在地成立了3个居委会，全县辖10个乡（镇）、159个村委会、3个居委会、422个自然村。

2008年，巴青县进行行政村居改革工作，将原来拉西镇29个行政村合并为26个行政村，岗切乡18个行政村合并为16个行政村，扎色镇28个行政村合并为27个行政村，保留原雅安镇18个行政村，保留原江绵乡16个行政村，保留原巴青县9个行政村，保留原玛如乡18个行政村，保留原阿秀乡11个行政村，保留原本塔乡10个行政村，保留原贡日乡5个行政村。全县共有156个行政村。

至2010年年底，巴青县辖拉西、雅安、扎色3个镇和江绵、巴青、阿秀、玛如、本塔、岗切、贡日7个乡，共156个村。